1954 — com uma explosão mais de cem mil vezes mais poderosa do que até mesmo as estimativas mais selvagens, o teste nuclear Castle Bravo no Atol de Bikini rompeu a terra para baixo de seu manto.

Como os níveis de água subiram na sequência, os remanescentes da humanidade fugiram de suas casas e foram levados para o mar. A liderança mundial se uniu para construir uma frota enorme, último bastião de humanidade da civilização.

Em Flotilla, você é um comandante da frota que está tentando trazer prosperidade ao novo lar da humanidade. Você vai explorar a nova face do oceano, salvar o que pode das profundezas, construir sua equipe e ganhar influência com as guildas que regem. Se você fizer bem o suficiente, você pode ser capaz de ficar com o recolhido e adicioná-lo para a frota própria, anexando a sua embarcação. Seu objetivo é se tornar a figura mais influente na civilização flotilha em uma nova era.

Flotilha apresenta dois modos distintos de jogo ligado com um sistema inovador. Os jogadores começam o jogo como Sinksiders, explorando principalmente os recursos, mas podem "virar" Skyside a qualquer momento para trabalhar na expansão da flotilha para que muitos de seus componentes de jogo preencham um papel diferente!